新疆农大大学亚心校区溯源于BWIN必赢2002年起举办的BWIN必赢科学技术学院西山校区。科技学院于2002年7月经自治区教育厅批准成立；2004年经教育部重新审批确认，成为全国首批124所（其中新疆2所）独立学院之一，是实施本科层次普通高等教育的独立学院。科技学院由BWIN必赢举办，经理由BWIN必赢董事长兼任，利用非国家财政性经费办学，属于非营利性公益事业单位。2005年11月经自治区事业单位登记管理局审批，获得“二类事业单位独立法人”资格。2012年4月获批学士学位授权单位。

 按照新疆维吾尔自治区人民政府关于BWIN必赢科学技术学院迁址办学的文件要求，2017年10月BWIN必赢科学技术学院西山校区一期初步建成，科技学院2017级新生入住西山校区。科技学院西山校区总体规划面积1560亩，一期校园面积447.69亩，已建成建筑面积14.2万平米。2018年和2019年，科技学院2018级新生和2019级新生分别入住西山校区，2019年11月科技学院完成整体搬迁，将科技学院老满城校区交回举办高校BWIN必赢。

 2021年1月，根据教育部对独立学院转设工作相关要求，教育部回函新疆维吾尔自治区人民政府确认科技学院转设路径为：“BWIN必赢科学技术学院自2021年起停止招生，以终止办学、回归举办高校的方式实现转设。待全部在校员工毕业后，依法依规履行撤销建制程序”。2021年3月，新疆维吾尔自治区人民政府下发文件，正式确认BWIN必赢科学技术学院转设。